极速60秒完整版

继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。。故事讲述叛逆战队统帅狄军一直带领着战队以非一般的办案方式与超乎常规的手段，破获了不少一般警察不能应付的另类案件。狄军一直尽忠职守，但由于环境关系，他办案时所采用的非常手段却未能得到警方高层的支持和谅解，反而惹来了常规警员的非议与否定，而狄军在一次行动中，更落得有队员惨死的收场，令高层下令解散战队，幸而在狄军据理力争之下，终于换来一次证明自己的最后机会，上级决定派人到战队监察，为期三个月，藉此决定战队应否存在，而这一个监察者，正是警界与狄军齐名的才俊仇施丽。开始仇施丽不接受战队独特的工作方式和队员的特别之处，建议将其解散。在通过处理种种复杂的案件中，战队取得优异成绩，她不仅理解了他们，还与狄军产生了感情并且结合。最后在对付警署副署长这样的非正常罪犯的斗争中，经过殊死的战斗，仇施丽等队员献出了生命，狄军而和他带领的队员与恶势力背水一战，最后终于战胜邪恶，...。